targetscan
发布日期：2019-04-22 12:10:00编辑：音乐人
知识点：《targetscan》 收集：钟碧志 编辑：百合仙子
本知识点包括：1、Targetscan软件预测靶基因，是不是越靠前的，可能... 2、有没有人用过targetscan 3、targetscan 怎么看mir与靶基因的结合位点 4、求miRNA靶标预测软件PicTar的使用方法，流程，详解... 5、如何使用targetscan预测mirna和cirrna之间的关系 。
《targetscan》相关知识
找到的都是抑制的 不过是预测的 需要做Luciferase real-time western分别从不同水平验证
参考思路：
大部分抑制 也有上调的 SCIENCE文章一篇
Switching from repression to activation_ microRNAs can up-regulate translation.
知识拓展：
1： 如何判断靶某种基因或蛋白是某个miRNA的靶标
知识要点归纳：
有很多生物软件可以预测某个miRNA的靶基因,如TargetScan,mirBase,PicTar,结合miRNA芯片筛选.确定靶蛋白后,通过overexpression或antisense改变该miRNA的表达量,QRT-PCR及Western Blot检测相应蛋白含量的变化；将预测靶蛋白的启动子转载到pGL3载体,转染细胞并检测luciferase的变化倍数；最后通过IP证明两者间的结合
2： miRNA靶基因验证时怎么突变靶基因的3‘UTR结合位点
知识要点归纳：
请问miRNA靶基因验证时怎么突变靶基因的3‘UTR结合位点 - 分子...
例如:靶基因和miRNA的结合位点序列为:CAUUUCA,那应该怎么突变,不知道是突变其中一个还是几个碱基.看文献有的只突变1个碱基,有的突变2个碱基,不知道有没有什么
3： 请问用targetscan预测miRNA靶基因,预测结果中sps值和Ta值两项代表什么,是越高越好还是越低越好?
知识要点归纳：
TA (target site abundance) contribution
SPS (seed-pairing stability) contribution
这篇文献对这两个指标做了很详尽的说明
其中图4d,很形象的把这两个指标作图来比较不同数值的miRNA的效率.
4： 验证一个miRNA的靶基因需要多少钱
知识要点归纳：
需要很多钱
5： 【为什么miRNA的作用靶点在3‘UTR?为什么miRNA的作用靶点在3‘UTR而不在5’端?这样的话要首先等到DNA转录完毕才能进行抑制,这不是一种物质及能量的浪费吗?如果靶点在5’端是不是就能避免这种】
知识要点归纳：
首先,你提到了UTR这个概念,但是只有mRNA上才有UTR的定义.如果DNA没有转录,就无所谓UTR.所以无论5’还是3’,都已经是DNA转录之后的事情了.
其次,miRNA属于转录后调控,转录后调控的方式有很多,而且这些调控是不能在转录前进行的.机体是一个精密而复杂的系统,虽然我们现在的科学还不能解释很多东西,但这样的系统是经过自然选择的,必然有他的道理.不能说这些调控方式是浪费.
最后,现在miRNA的机制也并不十分清楚,已经有报道miRNA可以作用于mRNA的5’端甚至coding region.你可以找找相关的文献.
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2：有没有人用过targetscan
提示：有很多生物软件可以预测某个miRNA的靶基因，如TargetScan，mirBase，PicTar，结合miRNA芯片筛眩确定靶蛋白后，通过overexpression或antisense改变该miRNA的表达量，QRT-PCR及Western Blot检测相应蛋白含量的变化;将预测靶蛋白的启动子转载到pGL3...
3：targetscan 怎么看mir与靶基因的结合位点
提示：iRNA通位于基间或者内含区域由Exportin 5等转运至细胞质细胞核内RNA聚合酶Ⅱ转录产具帽结构聚腺苷酸尾巴pri-miRNARISC作用于特异mRNA3’UTRDicerpre-miRNA切割约22nt双链miRNA抑制翻译程或者直接讲解mRNA核酸酶Drosha及其辅助Pasha作用熟miRNA需要...
4：求miRNA靶标预测软件PicTar的使用方法，流程，详解...
提示：选好种属 输入miRNA名称 点确定。。。。。 这还要啥详解 去用targetscan吧 界面更好看懂一些
5：如何使用targetscan预测mirna和cirrna之间的关系
提示：知道怎么查自己是否被录